Slipshavn betyder slimet eller mudret havn. Den fungerede som Nyborgs havn indtil byen fik sin egen skibsbro under Christian d. 3., der var konge 1534-59. Der har i århundreder været aktiviteter på Slipshavn: Fiskeri, toldvæsen, lodseri, militær og jernbane har alle spillet en rolle på Slipshavn, og alle har efterladt sig spor, vi kan se i dag. 

I dag bruges Slipshavn og skansen af Marinehjemmeværnet, og der er derfor ikke adgang på selve Slipshavn. Det er tilladt at gå tur på området, men man skal til enhver tid følge anvisninger, da det er privatejet.

Slipshavn er et af de få steder, hvor man stadig kan få en fornemmelse af naturhavnen. Slipshavn nævnes første gang i de skriftlige kilder i 1446, og den har fungeret som en naturhavn indtil 1656-57. Her blev der opført en fire til fem meter høj skanse på Slipshavn med en bred voldgrav foran, der skulle udgøre en base for de fartøjer, der patruljerede i Storebælt.

Slipshavn var beboet af enkelte fiskerfamilier frem til ca. 1978. 

Siden 1956 har Marinehjemmeværnet drevet deres kursusvirksomhed fra Slipshavn, og man skal være opmærksom på, at området er militært område.